Germanika

En mars 1943, Canaris se rend personnellement à Smolensk pour projeter l'assassinat de Hitler avec des conspirateurs faisant essentiellement partie des officiers de la Wehrmacht (Groupe armée du centre dans ce cas précis) et de l’Abwher.

Il a rarement ignoré un appel à l'aide  à moins que cela n'ait risqué de provoquer un désaccord frontal avec le régime. Contrairement à nombre de ses pairs, qui étaient surtout préoccupés de la sauvegarde de l'armée en tant qu pilier principal de l'Allemagne, Canaris se montre réellement sensible au sort des juifs. Grâce à lui, de nombreux juifs ou à "moitié Juifs" ont porté l'uniforme de Wehrmacht ou ont au moins pu obtenir des papiers de l'Abwehr les garantissant l'immunité de la Gestapo.

Parmi ceux qui ont ont pu quitter les territoires occupés par les Nazi grâce à Canaris, on compte par exemple l'archevêque de Cracovie; un rabbi de Varsovie, qui a pu immigrer à New York; et Madame Czimanska, l'épouse de l'attaché militaire polonais à Berlin. Canaris a obtenu des papiers qui ont permis à Madame Czimanska et ses enfants de s'établir en Suisse dans le voisinage de Berne, où elle a trouvé un appartement. Il a parfois visité cette dame lors de ses voyages en Suisse. L'amiral a également agi en tant que relais pour la correspondance entre elle et sa mère à Varsovie.

Les tentatives de Canaris pour essayer  de mettre un arrêt aux crimes et au génocide de guerre Nazi ont été  mentionnées pendant le procès de Nuremberg.